El origen de Akatsuki, se remonta a Madara Uchiha. A pesar de que Pain es quien da las órdenes al resto del grupo, es Madara quien en realidad maneja todos los hilos del grupo. Se desconoce el momento en que se creó, así como sus integrantes originales, los cuales han ido cambiando conforme desertaban o eran eliminados durante sus misiones.

Desde la primera aparición de los miembros de Akatsuki en la historia, Itachi Uchiha y Kisame Hoshigaki a su llegada a Konoha, se sabe que tienen interés por el Kyūbi que alberga Naruto. Más tarde se revela que esta bestia es la más poderosa de un grupo de criaturas legendarias, los nueve Bijū, las cuales estaban bajo el control de Shodaime Hokage y que fueron entregadas a otras aldeas como pruebas de amistad y para sellar alianzas. Se conoce entonces que la intención más inmediata de la organización es capturar a todos estos.